萱草科的植物在克朗奎斯特分类法中属于百合科，1998年的APG 分类法将其单独分为一个科，但2003年经过修订的APG II 分类法将这个科和刺叶树科列为可合可分的备选科。2009年最新修订的APG III 分类法列为刺叶树科旗下亚科，为萱草亚科（Hemerocallidoideae）。

AP-网站列出萱草科有20 来个属，其中最常见的是萱草属（Hemerocallis）和新西兰麻属（Phormium）。

Hemerocallidoideae is the botanical name of a subfamily of flowering plants, part of the family Xanthorrhoeaceae sensu lato in the monocot order Asparagales according to the APG system of 2009. Earlier classification systems treated the group as a separate family, the Hemerocallidaceae. The name is derived from the generic name of the type genus, Hemerocallis. The largest genera in the group are Dianella (with 20 species), Hemerocallis (15), and Caesia (11).